Фамилия Макоева образована от имени или прозвища, и на этот счёт есть несколько версий. Наиболее вероятная основа — мужское имя Макей, которое является народной, уменьшительной формой от крестильного имени Македоний. В святцах это имя носил святой мученик, а в быту оно сократилось до простого и удобного «Макей». Соответственно, Макоев — буквально «сын Макея», а Макоева — женская форма фамилии.

В акающих говорах основой могло стать имя Мокий (с греческого — «насмешник»). В безударном положении «о» и «а» звучали одинаково, поэтому Мокий на слух превращался в Макей, и фамилии с этой основой могли писаться по-разному. Но первая версия — от Македония через Макея — выглядит логичнее и распространённее.

Есть и третья, бытовая версия, которая связывает фамилию с маком. В народе прозвище «Маковка» давали либо умному, башковитому человеку (по созвучию с «макушкой» головы), либо тому, кто растил мак или торговал маковыми пирогами. Однако от прозвища Маковка скорее образовалась бы фамилия Маков, а не Макоев. Поэтому версия с именем Макей остаётся основной.

Сама фамилия Макоева — типичная для Кавказа модель с русским суффиксом принадлежности -ев, который присоединили к основе на «й» (Макей). В осетинской и ингушской среде такие фамилии на -ев нередки: они показывают, что предок носителя был известен под именем или прозвищем, а фамилия закрепилась за родом уже после вхождения региона в состав Российской империи.