Фамилия Магкоева — одна из тех, где при внешней простоте кроется несколько версий происхождения, и выбрать единственную не всегда возможно. В её основе лежит личное имя или прозвище Магкой, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. Суффикс -ов/-ев указывает на стандартную русскую модель образования фамилий: «чей?» — «сын Магкоя» или «потомок Магкоя».

Самая вероятная версия связывает основу «Маг-» с тюркским словом «маг» (или «магъ»), означающим «сила», «могущество», «величие». В таком случае Магкой — это человек, обладающий силой, влиятельный или просто крепкий. В тюркских языках (осетинском, кумыкском, балкарском) есть имена и прозвища с этим корнем, например, Магомед (через арабское «Мухаммад»), но здесь форма более архаичная и прямая. В осетинском языке «маг» может означать «туман» или «мгла», но для прозвища это менее характерно.

Менее распространённая, но не исключённая версия — от арабского имени Махмуд (от корня «хамид» — хвалимый) в местной огласовке. В некоторых диалектах «Магкой» могло быть стяжённой формой от Магомед или Махмуд, где конечный звук «д» перешёл в «й» или отпал. Однако для такой трансформации нет массовых параллелей, поэтому версия с «силой» выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия Магкоева привязана к Северному Кавказу, в первую очередь к Осетии. Среди осетин фамилии на -ов/-ев — обычное явление, они массово закреплялись в XIX веке при записи в метрические книги. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки выходцев из горных обществ, где прозвище Магкой могло быть дано за физическую стать или за общественное положение.

Фамилия женская (окончание -а) и мужская (Магкоев) — это одна и та же родовая фамилия, склоняемая по правилам русского языка. Разбор показывает, что перед нами не случайное сочетание звуков, а след от прозвища, которое когда-то точно описывало человека.