Фамилия Магнаева — один из тех случаев, где на первый план выходит не имя и не прозвище, а суффикс, указывающий на социальное положение предка. В русских фамилиях суффикс -ев обычно присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й, но здесь мы видим редкую модель: основа Магнай + суффикс -ев. Такое образование характерно для фамилий тюркского происхождения, которые адаптировались в русской среде через добавление патронимического суффикса. Сама основа восходит к мусульманскому имени Магнай — варианту имени Магний или Магнус, которое в свою очередь связано с латинским magnus — «великий». В татарской и башкирской традиции это имя могло звучать как Мәгънәй или Мәгънәви, что означает «смысловой», «значительный».

Если копнуть глубже, фамилия Магнаева почти наверняка имеет региональную привязку к Поволжью или Предуралью — территориям, где веками жили татары, башкиры и русские. В метрических книгах XVIII–XIX веков фамилия встречается в Оренбургской и Уфимской губерниях, причём часто у крещёных татар или башкир, которые принимали православие и получали фамилию по имени отца. Интересно, что в некоторых документах встречается написание Магнаев, без окончания -а, что типично для мужской формы, а женская Магнаева закрепилась в быту как общая семейная фамилия.

Словообразовательная модель здесь не совсем стандартная для русских фамилий. Обычно -ев присоединяли к основам на -ь (как Игорев), но здесь основа Магнай- — с конечным -й, что в тюркских языках является показателем принадлежности. То есть Магнай буквально означает «его величие» или «великий». Фамилия могла возникнуть не от прямого прозвища, а от имени, которое давали в честь святого или как пожелание ребёнку вырасти значительным человеком. В русских говорах слово «магнай» не фиксируется, так что версия о прозвище по профессии или внешности маловероятна.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Магнусов, Магницкий — показывает, что Магнаева стоит особняком: она не получила распространения в дворянской среде, не попала в «Бархатную книгу» и не фигурирует в списках служилых людей. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами, а сама фамилия осталась локальной, не выйдя за пределы нескольких уездов. Сегодня она встречается редко, преимущественно в Татарстане и Башкортостане, что подтверждает её тюркские корни.