Фамилия Магаяева — женская форма от мужской Магаяев, и её происхождение стоит искать в тюркском или кавказском именнике. Самая вероятная основа — личное имя Магай, которое могло быть вариантом мусульманского имени Магомед (через местное произношение Мага) или самостоятельным прозвищем. В тюркских языках «магай» иногда означало «умелец», «мастер», что тоже могло закрепиться как прозвище главы семьи.

Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимического образования: Магаяев буквально — «сын Магая». Такая адаптация характерна для фамилий народов Северного Кавказа и Поволжья, где русская администрация в XIX веке фиксировала местные имена по образцу «имя + -ов/-ев». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Мага́яев.

Географически фамилия Магаяева встречается преимущественно в Дагестане, Чечне и среди кумыков, реже — у татар и башкир. Если предки носили её, они могли быть выходцами из горных аулов, где имя Магай было распространённым. Встречается и написание с одной «а» — Магаев, но вариант Магаяев фиксирует более полную огласовку основы.

Редкость фамилии и её локальный характер говорят о том, что родоначальник жил в относительно замкнутой среде, а фамилия не ушла далеко от места возникновения. Дворянского происхождения у неё нет — это фамилия крестьянского или ремесленного сословия, прошедшая через канцелярии при переписях.