Фамилия Магская — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма сразу указывает на суффикс -ск-, который в русских фамилиях обычно принадлежит дворянскому или географическому типу: такие фамилии образовывались от названий мест (сел, городов, усадеб). Однако основа «Маг-» в русском языке не встречается ни как топоним, ни как распространённое прозвище. Это заставляет искать другие пути.

Самая вероятная версия — фамилия Магская возникла как вариант написания или искажение фамилии Магдская (или Магдский). В таком случае она связана с именем Магда (краткая форма от Магдалина) или с названием города Магдебург. В русской традиции фамилии на -ский от названий немецких городов встречались у обрусевших немцев, поляков или выходцев из Прибалтики. Например, Магдский мог превратиться в Магскую при переносе в женский род или при записи в документах с ошибкой: буква «д» легко выпадает в произношении.

Вторая версия — связь с древнерусским словом «мага» (или «мога»), означавшим «сила, мощь». В этом случае основа могла лечь в прозвище Мага — сильный, могущественный человек. От него через суффикс -ск- образовалась бы фамилия Магский, а затем и женская форма Магская. Но этот путь менее убедителен: суффикс -ск- редко присоединяли к коротким прозвищам, обычно он шёл к полным именам или географическим названиям.

Географически фамилия Магская встречается единично, в основном на юге России и Украине, что может указывать на польское или украинское влияние. В польском языке есть фамилия Maga, а также топонимы вроде Магнушев, от которых могли образоваться формы на -ский.

Таким образом, скорее всего, Магская — это поздняя, возможно, канцелярская переделка фамилии Магдская. Носители этой фамилии, если верить этой версии, могли быть потомками выходцев из западных земель, чья фамилия со временем упростилась в произношении и написании.