Фамилия Магинская — сравнительно редкая, и её происхождение напрямую связано с топонимом. Это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели «название места + суффикс -ск- + окончание -ая». Такая форма указывает, что перед нами женский вариант фамилии; мужская форма — Магинский.

Основа фамилии — название населённого пункта. Вероятнее всего, это Магино или Мага — небольшие деревни или сёла, которые могли существовать в разных регионах России. Например, деревни с названием Магино встречаются в Вологодской и Кировской областях. В основе названия лежит, скорее всего, некалендарное имя или прозвище Мага. В русских говорах «мага» могло означать «простак» или «растяпа», либо же быть сокращённой формой от имени Магнус (редкое, но встречавшееся в среде православного духовенства и дворянства). Есть и более прозаичная версия: «мага» — диалектное название небольшого торгового заведения, лавки. Тогда прозвище Мага мог получить торговец или владелец такой лавки.

Суффикс -ск- в фамилиях такого типа часто указывал на дворянское или шляхетское происхождение, но в XIX веке по этой модели массово образовывали фамилии и крестьяне, переселившиеся из одной деревни в другую. Человек, которого записали Магинским, скорее всего, был выходцем из села Магино или владельцем земли, носившей такое название.

В польском и украинском ономастиконе встречаются фамилии Магинский, Магинская, но там корень может восходить к имени Маг (сокращение от Магнус или Магдалена) или к слову «mag» (волшебник, чародей). Однако для русской фамилии более правдоподобна связь с конкретным географическим объектом, а не с мистикой. В любом случае, фамилия Магинская — яркий пример того, как имя небольшой деревни или прозвище одного человека стало основой для целого рода.