Фамилия Махотаев — один из тех случаев, где за простым звучанием кроется сразу несколько возможных историй, и выбрать единственную непросто. Начнём с самого очевидного: суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель — «сын человека по прозвищу Махотай». Основа фамилии явно восходит к слову «махотка» или «махота».

В диалектах русского языка, особенно в южных и центральных областях, махоткой называли небольшой глиняный горшок, кринку или миску. Слово это звукоподражательное, от «махать» — возможно, из-за формы или способа лепки. Прозвище Махота (или Махотай) могли дать гончару, торговцу посудой или просто человеку с круглой, полной фигурой, напоминающей горшок. Такие бытовые прозвища по предметам обихода были широко распространены: Горшков, Кувшинов, Ложкин. Махотаев — из того же ряда, но с более редкой основой.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «махота» означало нечто большое, громоздкое, неуклюжее. В этом случае прозвище могло закрепиться за медлительным или неповоротливым человеком. Ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует фамилию Махотаев, но указывает на продуктивность модели с суффиксом -ай в прозвищах (например, Ломай, Стреляй). Махотай, таким образом, могло быть формой повелительного наклонения от глагола «махать» — «махай». Прозвище Махай давали либо человеку с резкими, размашистыми движениями, либо тому, кто работал цепом, косой или веслом. Форма с -о- (Махотай) могла возникнуть под влиянием акающего произношения или как вариант с уменьшительным суффиксом.

Географически фамилия Махотаев встречается в основном в Поволжье и на юге России. По данным современных поисковых систем, наибольшая концентрация носителей — в Самарской, Волгоградской и Ростовской областях. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «махотка» было в ходу.

Сословная принадлежность предков Махотаевых, скорее всего, была крестьянской или ремесленной. Фамилия не несёт признаков дворянского происхождения (нет суффиксов -ский, -цкий, нет связи с географическими названиями). Это фамилия-прозвище, возникшая в среде, где человека называли по его занятию или внешности. Спор между версиями «гончар» и «работник» остаётся открытым, но первая, с горшком, выглядит чуть надёжнее — она опирается на устойчивое диалектное слово, а не на глагольную форму, которая реже становилась основой для прозвищ.