Фамилия Махотина происходит от прозвища или мирского имени Махота. В основе лежит нарицательное «махотка» — так в южнорусских и украинских говорах называли небольшой глиняный горшок, кринку или макитру. Прозвище могли дать либо гончару или торговцу посудой, либо человеку очень маленького роста — в переносном смысле «махотка» означала именно это. Обе версии равноправны: род занятий и внешность были самыми частыми поводами для прозвищ, а слово одинаково хорошо подходило для обоих случаев.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Махотина буквально значит «дочь или жена Махоты». Такая модель типична для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а: сын Махоты становился Махотиным, а его жена или дочь — Махотиной. В русской традиции женская форма фамилии закрепилась как грамматическая, а не смысловая, поэтому сегодня Махотина — это просто вариант фамилии для женщины, а не отдельное родовое имя.

Существует и вторая гипотеза, менее очевидная, но тоже имеющая право на жизнь. Махота могла быть производной, уменьшительно-бытовой формой крестильных имён Матвей («дарованный Богом»), Макарий («блаженный, счастливый») или Мануил («определение Божие»). В народной среде имена часто сокращали до неузнаваемости: Матвей легко превращался в Махвея, а оттуда уже недалеко до Махоты. Однако эта версия упирается в то, что для Макария и Мануила более естественны формы Макар, Макаша, Мануха — переход в Махоту требует дополнительных шагов. Правдоподобнее выглядит связь с горшком: прозвища от названий предметов быта встречались сплошь и рядом, а крестильные имена и так были у каждого, и для них редко придумывали отдельное прозвище.

Фамилия Махотина — нечастая, но и не уникальная. Она встречается в центральных и южных областях России, особенно там, где гончарный промысел был развит исторически: в Калужской, Тульской, Рязанской губерниях. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века, когда крестьяне и посадские люди начали массово получать наследственные прозвания. Родственными по корню можно считать фамилии Махоткин, Махотенко, Махотка — все они выросли из одного прозвища, но закрепились в разных регионах с разными суффиксами.

Известных носителей фамилии, оставивших яркий след в истории, немного — это фамилия скорее народная, крестьянская, и её носители не попадали в дворянские родословные книги. Но именно это и делает её типичным образцом того, как русская фамилия рождалась из быта: из глиняного горшка на столе, из кринки молока в погребе, из прозвища соседа, который лепил горшки или был сам похож на маленький горшочек.