Фамилия Махоткина образована от мирского, то есть нецерковного, имени Махотка. На Руси такое имя родители могли дать ребенку в дополнение к крестильному, и оно часто звучало ласково, как домашнее прозвище. Поэтому потомок человека по имени Махотка со временем и получил фамилию Махоткина.

Корень здесь — слово «малый», «махонький» (уменьшительное от «маленький» в некоторых говорах). Махоткой называли крошечного ребенка, младшего в семье или просто того, кого хотели приласкать. Суффикс -к- в основе имени типичен для народной уменьшительной формы, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: Махоткина — «дочь (или жена) Махотки», то есть человека, носившего это прозвище.

Интересно, что в разных регионах слово «махотка» имело и другое значение — так в южнорусских говорах называли небольшой горшок или кринку. Однако для фамилии версия с ласкательным именем правдоподобнее: прозвища по размерам посуды встречаются реже, чем ласкательные имена для детей. Хотя полностью исключать бытовое прозвище нельзя — если человека дразнили за маленький рост или коренастость, прозвище могло закрепиться за его родом.

Сама фамилия довольно редкая и встречается в основном в центральной России и Поволжье. В документах XVII–XVIII веков крестьян и посадских людей с подобными мирскими именами фиксировали именно в такой форме — с суффиксом -ин, что говорит о простонародном, а не дворянском происхождении рода. В дворянской среде такие фамилии почти не встречались: там предпочитали формы на -ов/-ев от полных церковных имен.

Сегодня носительницы фамилии Махоткина могут считать себя наследницами древней традиции: их предки носили теплое, домашнее прозвище, которое подчеркивало не происхождение или ремесло, а отношение близких — любовь к младшему или маленькому члену семьи.