Фамилия Махоткова — женская форма фамилии Махотков, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или мирским именем Махотка. В русских говорах «махотка» — это небольшой глиняный горшок, кринка. Так могли прозвать человека невысокого роста, коренастого или круглолицего, либо, по народной традиции, дать ребёнку «охранительное» имя от сглаза — назвать горшком, чтобы рос большим и здоровым. Подобные прозвища от названий посуды (Горшок, Ковш, Чугунок) в русской среде не редкость.

Модель образования проста: основа Махот- (с уменьшительным суффиксом -к-) плюс фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Махотки». Мужская форма Махотков, женская — Махоткова. Фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях — там, где диалектное слово «махотка» было в ходу.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «махот» (в значении «слабый», «хилый»). Но она не находит опоры в русском ономастиконе — фамилия явно славянская по суффиксу и бытованию. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не выделяется как исключение, а следует типовой модели прозвищ от бытовых предметов.

Таким образом, предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был человеком, которого в деревне звали Махоткой — за внешность или, наоборот, с доброй иронией. Фамилия не древняя, а крестьянская, оформившаяся в XVIII–XIX веках после отмены сословных ограничений на фамилии для низших слоёв.