Фамилия Махотлов — редкий случай, когда прозвищная основа почти наверняка связана с диалектным глаголом «махать». В русских говорах «махот» или «махотка» могло означать человека порывистого, размашистого в движениях, либо того, кто работает широко, не считаясь с силами. Суффикс -л- в основе (махот-л-) здесь не уменьшительный, а глагольный, как в словах «гребло», «точило» — он указывает на орудие или деятеля. Получается, что Махотлов — потомок человека, которого прозвали Махотлом за манеру поведения или за то, чем он занимался.

Модель образования фамилии типична для южнорусского и украинского ареала: основа на -л- плюс патронимический суффикс -ов. Такие фамилии нередко встречались в среде крестьян и однодворцев, где прозвища давались по внешним чертам или повадкам. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, Махотлов — от основы на твёрдый согласный, что подтверждает его происхождение от прозвища, а не от крестильного имени.

Встречается фамилия преимущественно на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Ставрополье. Это косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой: именно в этих регионах слово «махот» в значении «размашистый человек» фиксировалось этнографами. В центральных и северных областях фамилия почти не бытует.

Спорных версий немного. Иногда пытаются возвести Махотлова к тюркскому «махмут» (то есть к имени Махмут), но это маловероятно: фамилия имеет прозрачную славянскую морфологию, и замена -у- на -о- в таком случае необъяснима. Также не стоит путать её с фамилией Махоткин — там суффикс -к- уменьшительный, а здесь -л- деятельный, и смысловая разница существенна.

Кем были предки? Скорее всего, крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище за живой, энергичный нрав. Никаких следов дворянства или знатного происхождения у фамилии нет — она из тех, что прямо рассказывают о характере своего первого носителя.