Фамилия Махрушина встречается значительно реже своих «родственников» по корню — Махрова, Махрина или Махова. Её основа, скорее всего, не связана с растением махорка, как может показаться на первый взгляд. В русских говорах слово «махрушка» или «махра» имело несколько значений, и все они — бытовые, прозвищные.

Самая вероятная версия отталкивается от диалектного глагола «махрить» — делать неровным, лохматить, разлохмачивать. В пермских и вятских говорах «махрой» называли бахрому, кисти, мохры на одежде. Человек, носивший прозвище Махра или Махруша, мог быть либо неряхой с растрёпанной одеждой, либо, напротив, ремесленником, который как раз и делал бахрому — например, ткачом или портным, обрабатывавшим край ткани. Второе значение — «оборванец» или «бедняк» — тоже вписывается в логику прозвищ: внешний вид часто становился основой для фамильного имени.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Махрушин — значит «сын Махруши». Форма Махруша — это уменьшительно-ласкательный вариант от Махра, характерный для северных и северо-восточных русских говоров. Географически фамилия чаще всего фиксируется в Пермском крае, Кировской области и на Урале — именно там диалектная лексика дольше сохраняла слово «махра» в активном употреблении.

Есть и альтернативная, менее убедительная версия: связь с тюркским именем Махруш (от персидского «мах» — луна и «руш» — светлый, сияющий). Но в таком случае фамилия скорее имела бы форму Махрушев или Махрушов, а суффикс -ин для тюркских заимствований в русском языке менее типичен. К тому же, в документах XVII–XVIII веков по Уралу и Прикамью встречаются именно русские прозвища Махра, Махря, Махрушка — все они описывают внешность или род занятий, а не восточное имя.

Таким образом, фамилия Махрушина — это типичное русское отпрозвищное именование, возникшее в среде крестьян или посадских людей. Предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком, которого окружающие запомнили по неопрятному виду или по профессии, связанной с обработкой ткани. В современных записях фамилия остаётся редкой, что только подтверждает её узколокальное происхождение.