Фамилия Махтингер, судя по её строению, имеет не славянское, а немецкое или австро-баварское происхождение. Типичный немецкий суффикс -er указывает на принадлежность к месту или профессии: так образовывались фамилии ремесленников и жителей определённых местностей. Основа «Махтинг» почти наверняка восходит к названию населённого пункта. В Германии существует несколько топонимов с корнем Macht- (от древневерхненемецкого maht — «сила», «мощь», но в географических названиях чаще связанных с личным именем или особенностями ландшафта). Наиболее вероятный кандидат — баварская коммуна Махтинг (Machting) в районе Регенсбург. Таким образом, первый носитель фамилии Махтингер был выходцем из этого села или человеком, получившим прозвище «тот, кто из Махтинга».

Менее распространённая, но возможная версия — профессиональная. В южнонемецких диалектах слово Machter могло означать «уполномоченный», «распорядитель» или даже «смотритель» (от глагола machen — «делать», «управлять»). В этом случае суффикс -inger (вариант -er) образовывал фамилию по роду деятельности: Махтингер — «тот, кто наделён властью», «управляющий». Однако эта гипотеза слабее топонимической, так как форма Machtinger в немецких архивах встречается почти исключительно как указание на место выхода.

В России фамилия Махтингер — редкая, и её появление связано с волнами иммиграции немецких колонистов в XVIII–XIX веках, прежде всего в Поволжье, Причерноморье и на Волыни. Поскольку фамилия не подверглась русификации (не получила окончаний -ов или -ин), можно предположить, что носители долго сохраняли замкнутый быт и язык, типичные для немецких колоний. С точки зрения словообразовательной модели, это чистая немецкая фамилия, где географическая привязка оказалась сильнее профессиональной, хотя обе версии имеют право на существование.