Фамилия Маконовицкий — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную или профессиональную основу. В ней отчетливо читается суффикс -ицк-, типичный для польских и западнорусских (белорусских, украинских) фамилий, образованных от названий мест. Этот суффикс указывает на владельческий или родовой признак: «из Маконовиц» или «маконовицкий» — то есть выходец из селения, которое называлось Маконовице (или Маконово, Маконовичи). Само название, скорее всего, происходит от личного имени Макона — западнославянской или балтской формы канонического имени Макарий (от греческого «макариос» — блаженный) либо от прозвища Макона, которое могло означать что-то вроде «мешковатый», «неуклюжий» (от польского «mak» — мак, но в переносном смысле, или от «makota» — тяжелый, грузный человек).

Версия с польским корнем выглядит правдоподобнее всего. Фамилии на -ицкий массово возникали в Речи Посполитой у шляхты, а затем переходили к крестьянам и мещанам. Если предки Маконовицких были шляхтичами, то фамилия указывала на родовое гнездо — усадьбу или деревню Маконовице (такие топонимы встречаются в исторических землях Мазовии и Подляшья). Если же нет, то фамилия могла быть «искусственной» — присвоенной при переписи по названию ближайшего села или урочища.

Менее вероятна, но возможна версия от еврейского имени Макона (сокращение от Менахем-Мендл) с добавлением славянского суффикса. В таком случае фамилия закрепилась бы на территории черты оседлости, в современных Беларуси или Украине, где польские модели словообразования смешивались с идишем. Однако суффикс -ицкий для еврейских фамилий нехарактерен — там чаще встречается -ович или -ман.

В написании фамилии есть примечательная деталь: ударение, скорее всего, падает на третий слог — Маконови́цкий, что типично для польской акцентуации. Если бы фамилия была чисто русской, ударение сместилось бы на -ов- (Маконóвицкий). Эта фонетическая черта — дополнительный аргумент в пользу западнославянского происхождения. По сословной принадлежности предки могли быть как мелкими землевладельцами, так и крестьянами, получившими фамилию по месту жительства. Точных данных о конкретных носителях в открытых источниках мало, что неудивительно для редкой фамилии, не попавшей в общероссийские родословные сборники.