Фамилия Маковченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой в этой ономастике. Суффикс -енко (в безударной позиции часто переходящий в -енко) изначально указывал на сына или потомка: Маковченко — «сын Маковца» или «потомок Макового». Такая модель в XVI–XVII веках массово вытесняла в Украине польские и литовские фамилии на -ский, закрепившись сначала среди казаков и крестьян, а затем и в других сословиях.

Основа фамилии — «Мак» или «Маковец». Первое, что приходит в голову: прозвище человека, связанного с маком — либо сеятеля и торговца этим растением, либо того, кто любил маковые булочки, либо обладателя рыжих, как мак, волос. Но есть и менее очевидный вариант: «Маковец» — это тот, кто родом из села с названием Маков, Маково или Маковцы. Таких топонимов немало и в Украине (например, Маков в Хмельницкой области), и в Польше, и в Беларуси. Тогда фамилия Маковченко — это указание на выходца из конкретного места, а не на личное качество.

Интересно, что фамилия не встречается в старых московских боярских списках или реестрах запорожского войска — она скорее поздняя, сформировавшаяся уже после закрепления суффикса -енко как фамильного, а не отчества. В современной России Маковченко редка, её носители сосредоточены в южных и центральных областях (Краснодарский край, Ростовская область), что подтверждает украинские корни. В самой Украине фамилия распространена неравномерно: чаще всего в Черкасской и Полтавской областях, где традиционно были села с названиями вроде Маковка.

Наконец, стоит заметить, что в русском языке фамилию иногда путают с Маковченков (с двойным суффиксом) или пишут через «а» — Макавченко, но это уже диалектные или канцелярские искажения. Правильное ударение — на второй слог: Мако́вченко, хотя в бытовой речи часто смещают на третий.