Фамилия Макотченко — типичный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был распространён в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России. Первоначально -енко означало «маленький» или «сын», то есть Макотченко — буквально «сын Макотки». В основе фамилии лежит прозвище Макотка, и тут открывается простор для нескольких правдоподобных версий.

Самая прямая версия отталкивается от глагола «макать» — «окунать, опускать в жидкость». Макоткой могли прозвать человека, который любил макать оладьи в масло, — такая бытовая деталь легко закреплялась за едоком. Но прозвище могло относиться и к ремеслу: вымачивание льна перед трепанием или изготовление маканых свечей — трудоёмкие процессы, которые в крестьянском хозяйстве выполнял кто-то один, и его могли выделить этим словом.

Вторая версия связывает прозвище с «маком». Макоткой могли назвать крестьянина, который сеял мак, или торговца, продававшего пироги с маком. В украинской традиции мак — важная обрядовая и пищевая культура, так что прозвище на этой основе вполне естественно.

Есть и третья, менее очевидная, но интересная гипотеза: прозвище Макотка могло выполнять охранительную функцию. В дохристианской и раннехристианской традиции детям давали «плохие» имена, чтобы отвести от них злые силы. Макотка — не что-то величественное, а скорее бытовое, приземлённое — как раз подходит для такой роли.

С точки зрения словообразования фамилия Макотченко стоит в одном ряду с Макоткиным, Макаевым и Макаренко. Но суффикс -енко указывает на украинское происхождение рода, в отличие от русских вариантов на -ов/-ев. Где именно фамилия бытовала чаще — вопрос открытый: в современных базах она встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в Краснодарском крае, куда в XIX веке переселялись малороссы.