Фамилия Маковицкая — женская форма фамилии Маковицкий. Её основа, скорее всего, связана с украинским или польским топонимом Маковица (Маковец). Таких сёл и хуторов в Западной Украине и Польше несколько: название происходит от слова «мак» — либо по обилию мака в округе, либо по форме холма, напоминающей маковую головку. Человек, переехавший из такого места, получал прозвище или фамилию Маковицкий — «тот, кто из Маковицы».

Суффикс -цк- типичен для польской и западнорусской шляхетской модели образования фамилий от названий имений. В Речи Посполитой так называли мелкопоместную шляхту или зажиточных крестьян, владевших хутором. В Российской империи после разделов Польши фамилия распространилась среди униатов и православных Волыни, Подолья и Галиции.

Второй, менее вероятный вариант — происхождение от прозвища Маковка (макушка головы, верхушка) или от имени Макар в его уменьшительной форме Маковка. Но географическая привязка здесь убедительнее: фамилия Маковицкий встречается в основном на западе Украины и в восточной Польше, а не по всей территории, где бытовало имя Макар.

Форма Маковицкая — не самостоятельная фамилия, а вариант, который в XIX—XX веках закрепился за женщинами в документах. В дореволюционных метрических книгах жену Маковицкого могли записать как Маковицкая, а дочь — как Маковицкая или Маковицка (по польской традиции). После унификации паспортной системы в СССР форма на -ая стала стандартной для женщин.