Фамилия Макойникова — женская форма фамилии Макойников, которая образована от прозвища или мирского имени Макойник. В основе прозвища, скорее всего, лежит украинский глагол «маковіти», что значит «рдеть, румяниться, алеть как мак». Такое именование могло закрепиться за человеком с ярким румянцем на лице или за тем, кого часто видели краснеющим от смущения — отсюда возможен и переносный смысл: скромный, застенчивый человек.

Менее распространённая, но тоже вероятная версия связывает прозвище с родом занятий. В говорах «макойником» могли называть рабочего, который занимался окраской тканей — в частности, в красный, маковый цвет. Если принять эту гипотезу, фамилия указывает не на внешность, а на ремесло предка.

Словообразовательная модель проста: к основе Макойник прибавился типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Макойника). Суффикс -ник в прозвище характерен для украинской и южнорусской традиции именования: он часто обозначал лицо по действию или признаку (ср. мельник, грешник, румяник). Фамилия Макойников могла возникнуть как на территории современной Украины, так и в южных областях России, где украинское влияние было сильным.

Другие этимологические версии, например, связь с растением мак или с названием населённого пункта, выглядят менее убедительными: в топонимике корень «мак-» встречается редко, и фамилия Макойников к географическим названиям не привязана.

Фамилия редкая, в исторических документах XIX века почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании. В современной России носители фамилии встречаются в основном в центральных и южных регионах, что косвенно подтверждает её украинско-русское происхождение.