Фамилия Макущенко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая буквально означает «сын» или «потомок». В основе лежит имя или прозвище Макуш, и здесь есть несколько версий происхождения, ни одна из которых не является однозначно доказанной.

Самая распространённая версия связывает Макуша с просторечной формой христианских имён. Имя Макуш могло возникнуть как народный вариант от Мокей (от греческого «насмешник»), Максим («величайший») или Макар («блаженный, счастливый»). В украинской и белорусской среде такие усечённые формы были обычным делом: от длинного церковного имени отсекали часть, оставляя короткую и удобную в быту основу. Соответственно, Макущенко — это «сын Макуша», то есть потомок человека, которого в обиходе звали Макушем.

Менее вероятная, но всё же возможная версия — происхождение от прозвища Макуша. В этом случае корень мог быть связан со словом «макушка» (верхушка, темя). Прозвище мог получить человек высокого роста, либо тот, кто выделялся макушкой (например, лысиной или необычной причёской). Однако эта гипотеза слабее: суффикс -енко в украинской ономастике гораздо чаще крепился к личным именам, чем к прозвищам, образованным от частей тела.

Словообразовательная модель проста: основа Макуш- плюс патронимический суффикс -енко. Такие фамилии в XVII–XVIII веках массово фиксировались на территории Левобережной Украины (Черниговщина, Полтавщина) и впоследствии распространились по всей Украине и югу России. Географически фамилия Макущенко встречается нечасто, но стабильно — в основном в украинских областях, что подтверждает её региональное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Макуш как самостоятельная фамилия тоже существует, как и Макушкин, но именно форма на -енко выдаёт украинский контекст. В русских фамилиях тот же корень чаще оформлялся суффиксами -ов или -ин (Макушов, Макушин).