Фамилия Маркущенко — яркий пример украинской фамильной модели на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, изначально означал «маленький» или «сын»: Маркущенко — буквально «сын (или потомок) Маркуща». А Маркущ, в свою очередь, — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Марк. Римское родовое имя Marcus, от которого оно произошло, скорее всего, связано с латинским «marcus» — «молот» или с именем бога Марса.

В основе фамилии лежит не само имя Марк, а его производная форма с суффиксом -ущ- (Маркуш, Маркущ). Такие формы в украинской и белорусской традиции часто несли оттенок ласкового или обиходного обращения, вроде «Маркушка». Таким образом, родоначальник Маркущенко — это не просто Марк, а человек, которого в быту звали уменьшительно, что говорит о его принадлежности к простонародной, скорее всего, крестьянской или казацкой среде.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где фамилии на -енко исторически доминировали. В российских документах XVIII–XIX веков, когда фамилии фиксировались, форма «Маркущенко» могла конкурировать с вариантами «Маркушенко» или «Маркушев» — в зависимости от того, как писарь слышал произношение.

Интересно, что в одном роду Маркущенко могли чередоваться написания через «щ» и «ш». Дело в том, что в украинском языке звук [шч] (передаваемый буквой «щ») в быстрой речи часто редуцируется до [ш], поэтому фамилии Маркущенко и Маркушенко — это, по сути, фонетические дублеты одной и той же основы. Встречаются также однокоренные фамилии Маркуш, Маркушевский, Маркушин — все они восходят к тому же народному варианту имени Марк.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её носили и казаки, и крестьяне, и мещане. Фамилия не редкая, но и не массовая, что типично для патронимов от производных, а не от канонических форм имени.