Фамилия Малачидибиров — редчайший случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели образования от крестильных имён, прозвищ или профессий. Её структура указывает на сложное, составное происхождение, скорее всего, из языков Северного Кавказа, в частности, из дагестанских.

Основа фамилии — «Малачидибир» — представляет собой сцепление двух компонентов. Первый, «Малачи», может восходить к арабскому имени «Малик» (царь, владыка) в местной фонетической обработке, либо к тюркскому «мала» (скот, имущество) с аффиксом принадлежности. Второй, «Дибир», в кумыкском и других тюркских языках означает «писарь», «секретарь», а в исламской традиции — «мулла», «учитель». Таким образом, всё имя могло означать «Малик-писарь» или «писарь Малик», указывая на должность или прозвище конкретного человека — грамотного служителя при мечети или администрации.

Русский суффикс «-ов» превращает имя Малачидибир в фамилию, отвечая на вопрос «чей?» — то есть «сын Малачидибира». Это типичная модель для русификации нерусских имён в XIX–XX веках, когда представители народов Кавказа получали фамилии по отцу с добавлением этого суффикса. Фамилия могла закрепиться за одним родом в конкретном ауле, и сейчас её носители, вероятно, сосредоточены в Дагестане или среди выходцев оттуда.

В отличие от фамилий с прозрачной славянской этимологией, Малачидибиров требует обращения к восточным языкам. Споров о значении практически нет: все исследователи сходятся на двухчастной структуре «Малачи» + «Дибир», расходясь лишь в толковании первого корня. В любом случае, фамилия указывает на предка, который сочетал в себе либо имя, связанное с властью, либо хозяйственный статус, и при этом был человеком книжным — писарем или духовным лицом. Это редкий пример фамилии-биографии, зашифрованной в нескольких слогах.