Фамилия Маланенкова — женская форма от Маланенков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Маланенко. Это типичная для южнорусских и украинских земель модель: суффикс -енко указывает на «маленького», «сына» или «потомка» человека, названного в основе. То есть Маланенко — буквально «сын Малана». В русском варианте фамилия получила стандартный патронимический суффикс -ов, и закрепилась в форме Маланенков, от которой уже пошла женская.

Основа Малан — это, скорее всего, разговорная или диалектная форма крестильного имени Маланий (Малания). В святцах это женское имя греческого происхождения (от melas — «чёрный», «тёмный»). В народе имя нередко сокращали до Маланья, Маланя, а от мужского варианта (Маланий, встречавшегося у монахов) — до Малан. Впрочем, не исключено, что прозвище Малан дали человеку смуглому или темноволосому, по тому же корню «мал» (малый, низкорослый) — в украинских говорах «малан» могло означать «коротышка». Обе версии возможны, но первая (от имени) встречается чаще: фамилии на -енко в XVI–XVII веках активно формировались именно от личных имён.

Географически фамилия Маланенков тяготеет к Брянской, Смоленской, Калужской областям и к северу Украины — то есть к зоне, где пересекались русские и украинские диалекты. В этих краях суффикс -енко не был редкостью, и фамилия могла возникнуть как у выходца с Украины, осевшего в России, так и у местного жителя, говорившего на смешанном говоре.

Интересная деталь: в русской традиции фамилии на -енко редко склонялись по падежам (как неизменяемые), но Маланенков, попав в систему с суффиксом -ов, «обрусел» и получил полное склонение. Это показывает, что носители фамилии довольно рано адаптировали её к северной модели, либо запись в документах была сделана с учётом московских норм.