Фамилия Маланушенко украинского происхождения и образована по типичной для восточной Украины модели. Её основа — личное имя Малан (или Маланий), народная форма канонического имени Меланий (от греческого «мелас» — чёрный, тёмный). В украинском быту имя Меланий превратилось в Малан, а женская форма Маланья (Меланья) была широко распространена. Суффикс -енко — самый массовый украинский патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». То есть Маланушенко — буквально «сын Малана» или «потомок человека по имени Малан».

Стоит обратить внимание на редкую для фамилий этого типа форму: в суффиксе есть дополнительный элемент -уш-. Обычно украинские фамилии строятся как Маланенко (от Малан + енко) или Маланович. Форма Маланушенко говорит о том, что основа, скорее всего, была не просто имя Малан, а его уменьшительно-ласкательный вариант — Малануша. Такие «тройные» суффиксы (корень + уменьшительный суффикс + -енко) встречаются реже и указывают на то, что прозвище или имя предка закрепилось именно в ласкательной форме.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), откуда в XVIII–XIX веках вместе с крестьянами и казаками распространилась на юг и восток Российской империи. Носители фамилии — потомки либо крестьян, либо казацкой старшины, поскольку фамилии на -енко в XVI–XVII веках активно формировались именно в казацкой среде, а затем закрепились и у крестьян после отмены крепостного права. Определить сословную принадлежность конкретной ветви без генеалогического исследования невозможно: Маланушенко встречаются и среди бывших государственных крестьян, и среди казаков.

В русском языке фамилия сохраняет ударение на предпоследний слог — Малану́шенко, что типично для украинских фамилий, перенесённых в русскую среду без изменения.