Фамилия Малонушенко — редкий случай, когда прозвище или имя-основа почти полностью стерлись под напором суффиксов, и восстановить её точное значение можно только через словообразовательную цепочку. Разберем её по частям.

Основа «Мало-» в украинских и южнорусских фамилиях обычно указывает на рост, возраст или статус: «малый» — либо младший в семье, либо невысокий человек. Но здесь она не стоит сама по себе, а соединена с «-нуш-». Этот элемент — уменьшительно-ласкательный суффикс, характерный для украинских и польских диалектов. Вместе «Малонуш» — это, скорее всего, ласкательная форма имени или прозвища: «маленький», «мальчонка», «малыш». Получается, что исходное имя-прозвище звучало как Малонуш или Малюнуш (с возможной диалектной заменой гласных).

Суффикс «-енко» — классический украинский патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Малонушенко — это «сын Малонуша». Фамилия образована по той же модели, что и тысячи других на «-енко» (Петренко, Иваненко), но с редкой, почти исчезнувшей основой.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс «-енко» был основным способом образования фамилий. Встречается она в основном в Черкасской, Полтавской и Киевской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье. В России вне этих регионов фамилия крайне редка.

Версий происхождения немного, и самая правдоподобная — прозвищная. Человек по прозвищу Малонуш (ласкательное от «малый») мог быть младшим сыном, низкорослым или просто ласково прозванным. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «малонуть» (уменьшить, убавить) — тогда прозвище могло относиться к скромному или экономному человеку, но эта гипотеза слабее из-за отсутствия широкого бытования такого глагола.

Социальный состав носителей, судя по доступным данным, преимущественно крестьянский и казачий — фамилия не встречается в дворянских родословных книгах. Предки Малонушенко, скорее всего, были свободными или крепостными крестьянами, ремесленниками или казаками в малороссийских губерниях.

Итог: фамилия Малонушенко — украинская, образована от ласкательного прозвища Малонуш («малыш») с патронимическим суффиксом «-енко». Её уникальность — в редком сочетании уменьшительного суффикса «-нуш-» и стандартной модели, что делает её живым свидетельством местной диалектной речи.