Фамилия Малашенкова — женская форма фамилии Малашенко, а та, в свою очередь, образована от имени Малаша. Имя Малаша — это народная, разговорная форма церковного имени Малахий, которое в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». В русской традиции имя Малахий встречалось нечасто, зато его уменьшительные варианты вроде Малаша и Маланя были широко распространены в простонародной среде. Поэтому основатель рода Малашенковых, вероятнее всего, происходил из крестьян или ремесленников — люди из высших сословий редко пользовались такими обиходными формами имени.

Главная особенность фамилии — суффикс -енко. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев или -ин, модель на -енко типична для Украины и южнорусских земель (Белгородчина, Курская область, Кубань). Изначально такие фамилии означали «сын» или «потомок»: Малашенко — буквально «сын Малаши». Со временем, когда фамилия закрепилась, её стали передавать по наследству, не задумываясь о прямом родстве. Окончание -а в варианте Малашенкова указывает на то, что носительница — женщина, и эта форма чаще всего встречается в официальных документах, тогда как мужчины в той же семье пишутся как Малашенко.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и независимо от имени Малахий — через прозвище. В южнорусских говорах «малаша» иногда называли человека маленького роста или младшего в семье (от слова «малый»). Однако версия с именем выглядит правдоподобнее: прозвища редко давали по такому нейтральному признаку, а вот имя-основа для фамилий на -енко — обычное дело. В ономастических справочниках фамилия Малашенко фиксируется с XVII–XVIII веков на территории современной Украины, в частности в Полтавской и Черниговской губерниях, откуда она впоследствии распространилась по всей России.