Фамилия Малайчина — одна из тех, где суффикс подсказывает происхождение точнее, чем корень. Окончание -ина указывает на притяжательную форму: в русской традиции так образовывали фамилии от прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а или -я. Перед нами, скорее всего, «сын (или дочь) Малайчи» — то есть фамилия пошла от мужского прозвища Малайка или Малайча.

Самая вероятная основа — слово «малый» в значении «невысокий, младший, незначительный». Уменьшительный суффикс -айк-/-айч- (ср. Малайка) в русских говорах часто придавал прозвищу ласкательный или бытовой оттенок. Малайчей могли назвать младшего сына в семье, низкорослого человека или, напротив, подростка-помощника. В северных и центральных губерниях России такие прозвища были обычны: в документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне Малайко, Малайка — все они образованы от того же корня.

Есть и более редкая, но возможная версия: связь с тюркским словом «малай» (мальчик, парень). В южнорусских и казачьих областях, где был активен контакт с тюркскими народами, прозвище Малай могло закрепиться за человеком с восточными чертами или за молодым работником. Однако фамилия Малайчина с русским суффиксом -ин говорит, что носители давно обрусели, и тюркская основа — лишь отдалённый источник прозвища.

Географически фамилия редкая, её очаги — преимущественно в центральной России и Поволжье. В старых переписях она не фигурирует в дворянских родословных книгах, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Сословная принадлежность предков — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, реже — ремесленники.

Интересная деталь: фамилия Малайчина женская по форме, но в русской традиции она могла закрепиться за женщиной (вдова, дочь) или, что чаще, перейти к потомкам как неизменяемая форма от отчества. В современных справочниках она встречается и в мужском варианте — Малайчин, но последний значительно реже. Таким образом, предок носителя фамилии был человеком невысокого роста или младшим в семье, а сама фамилия хранит память о прозвище, данном по внешности или возрасту.