Фамилия Малдере звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. Её основа не имеет славянских корней, а суффикс -ере нехарактерен для русской модели образования фамилий. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из немецкого или голландского языка, либо из языков Прибалтики.

Наиболее вероятная версия — немецкое или нижненемецкое происхождение. В немецком языке слово «Malder» (или «Maldere» в диалектной форме) могло означать меру сыпучих тел, например, зерна, или же человека, который этой мерой пользовался — мальдера, то есть сборщика оброка, амбара или чиновника, ведавшего хлебными запасами. В средневековой Германии такая профессия была распространённой. Фамилия могла образоваться от прозвища «тот, кто работает с мальдером» или «владелец мальдера».

Другая, менее очевидная версия — связь с латышским или ливским языком. В Латвии встречается фамилия Малдерс, и Малдере может быть её диалектным или русифицированным вариантом. В этом случае корень мог быть связан с личным именем или местным географическим названием. Однако чёткой этимологии в балтийских языках у этого слова нет, поэтому версия с немецким происхождением выглядит убедительнее.

В русском контексте фамилия Малдере — редкая. Она могла появиться у потомков немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, или у прибалтийских немцев. Встречается она преимущественно в документах, связанных с Поволжьем, Прибалтикой и Санкт-Петербургом. Из-за редкости фамилия почти не имеет известных носителей в современной России, что делает её ценной для генеалогического поиска — каждый случай уникален.