Фамилия Малекянец — редкий для русской ономастики случай. Её суффикс «-ян(ец)» и корень «Малек» сразу выдают армянское или, шире, ближневосточное происхождение. В русском языке такая модель образования почти не встречается, поэтому фамилию стоит рассматривать как адаптированную форму армянской фамилии.

Основа «Малек» восходит к арабскому слову «малик» (ملك) — «царь», «властелин». В армянском языке это имя или прозвище закрепилось как Малек. Традиционный армянский фамильный суффикс — «-ян» (или «-янц»), означающий принадлежность к роду («из рода Малека»). Форма «Малекянец» — это та же самая модель, но переоформленная по законам русской грамматики: к армянской основе добавили русский суффикс «-ец», который в русском языке тоже указывает на происхождение из какой-то местности или от какого-то лица (ср. «грек» — «гречанец», «Ростов» — «ростовец»). То есть, носитель фамилии Малекянец — это «потомок Малека», «человек из рода Малека».

Скорее всего, фамилия возникла на юге России или в Закавказье, где русское население и армянские переселенцы долго жили рядом. При переписи или паспортизации армянскую фамилию Малекян могли записать на русский лад — с окончанием «-ец», чтобы она звучала привычнее для русского уха. Таким образом, Малекянец — это не исконно русская, а русифицированная армянская фамилия, сохранившая в корне указание на знатное или уважаемое происхождение предка.