Фамилия Малесенко — редкий пример, где суффикс работает громче корня. Окончание -енко сразу выдаёт украинское или южнорусское происхождение: в XVII–XVIII веках так оформляли потомков по отцу, буквально «маленький Малес» или «сын Малеса». Сама основа Малес — неканоническое имя или прозвище, и вот тут начинается главное.

Корень Мал- в восточнославянских фамилиях обычно указывает на рост или возраст: Малец, Малюта, Малеев. Малес, скорее всего, уменьшительная форма от имени Мала (Малой) с суффиксом -ес, который встречается в разговорных вариантах вроде «малесенький». Другая версия — связь с польским mały («малый») через диалектное малес — так на юго-западе России и в Беларуси могли называть низкорослого человека или младшего в семье. Третья, менее вероятная, — от имени Малахия (Малах), но без документальных подтверждений это лишь догадка.

Географически фамилия тяготеет к Черниговщине и Полтавщине — зоне активного бытования фамилий на -енко. В дореволюционных метриках Малесенко встречаются среди казаков и крестьян, реже — мещан. Сословной привязки нет: модель была универсальной для всех слоёв, но в дворянской среде такие фамилии почти не фиксировались.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В украинской традиции чаще ставят на предпоследний слог — Мале́сенко, в русской — на третий: Малесе́нко. Это не ошибка, а следствие разной акцентной системы: украинский язык сохранил подвижное ударение, а русский склонен фиксировать его на суффиксе.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Малеев, Маленко, Малецкий — показывает, что Малесенко стоит особняком: в ней нет ни патронимического -ов, ни топонимического -ский, только чистая «сыновья» модель. Это значит, что предок носителя был известен под прозвищем Малес, а его дети уже стали Малесенками — без привязки к месту или профессии.