Фамилия Малинушкин — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, почти полностью совпадает с привычным словом, но при этом скрывает неочевидный суффикс. На первый взгляд кажется, что корень «малин» указывает на ягоду. Однако в русских фамилиях суффикс «-ушк» — уменьшительно-ласкательный, но не для плода, а для человека. Малинушка — так в старину могли ласково называть человека с румяным, «малиновым» лицом, либо того, кто любил малину, либо, что вероятнее, ребёнка по имени Маланья, Мелания или Марина. В говорах «Малина» было нередким нецерковным именем, а форма «Малинушка» — домашним, семейным прозвищем.

Сама фамилия образована по продуктивной модели: основа «Малинушк-» + суффикс притяжательности «-ин». Выходит, что Малинушкин — буквально «чей?» — сын или потомок Малинушки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на «-ин» вообще преобладают. В южных и западных регионах того же человека скорее назвали бы Малинушенко или Малинушкевич, но в русской ономастике закрепился именно вариант на «-ин».

У фамилии нет однозначной связи с ягодным промыслом. В отличие от Малинникова, которого предок мог разводить малину, Малинушкин — это прозвищная фамилия, идущая от личного имени или характеристики внешности. В словаре Б. Унбегауна аналогичные примеры разбираются в контексте «ласкательных производных от крестильных имён»: так, Фомушкин — от Фома, Петрушкин — от Пётр. Малинушкин стоит в том же ряду, хотя исходное имя не столь очевидно.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, в современной России живут единицы Малинушкиных, в основном в Поволжье и на Урале. Это говорит о том, что фамилия не вышла за пределы одной-двух крестьянских или мещанских семей, а её носители не размножились до массового распространения. Если вы носите эту фамилию, скорее всего, ваши предки жили в небольшой деревне или слободе, где прозвище Малинушка было известно всем соседям.