Фамилия Малкавин — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычный суффикс. В русской фамильной системе стандартные окончания — это -ов/-ев и -ин. Здесь же мы видим «-авин»: Малк-авин. Такая модель встречается редко и почти всегда указывает на прозвище, образованное не от крестильного имени, а от нарицательного слова с помощью суффикса, который в древнерусском языке давал прилагательное со значением «относящийся к тому-то» или «обладающий свойством того-то».

Основа фамилии — «Малка». В русских говорах «малка» — это не только уменьшительное от имени Малания (разговорное Маланья), но и прозвище для невысокого человека, коротышка. В некоторых диалектах «малка» означала «мелочь» или «маленькая вещь». Таким образом, Малкавин — это буквально «сын Малки» или «человек, относящийся к Малке», где Малка — исходное прозвище.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастической литературе. Фамилия могла возникнуть от имени Малкав, которое встречается у народов Северного Кавказа, например у осетин или чеченцев. В таком случае «Малкавин» — это русифицированная форма, адаптированная под русскую модель с суффиксом -ин, означающим принадлежность. Однако для фамилий, бытующих в центральной России, более естественно объяснение через русское прозвище Малка.

Географически фамилия Малкавин встречается нечасто. Основные очаги — Псковская и Тверская области, а также отдельные случаи на Урале. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде крестьян или посадских людей в XVI–XVII веках, когда прозвища активно превращались в наследственные фамилии. Редкость суффикса «-авин» делает её заметной на фоне массы «-овых» и «-иных» фамилий, но при этом она не даёт однозначной привязки к дворянскому или духовному сословию — скорее всего, предки были простыми людьми, которых прозвали за малый рост или за имя.