Фамилия Малхутдинова — женская форма мужской фамилии Малхутдинов, и её происхождение напрямую связано с арабской и тюркской культурными традициями. В основе фамилии лежит составное личное имя Малхутдин, которое восходит к арабским словам «малхут» (владение, царство, государство) и «дин» (вера, религия). Таким образом, имя Малхутдин, а с ним и фамилия, означает «владение веры» или «царство религии». Это типичный пример теофорного имени (включающего компонент «дин»), распространённого у народов, исповедующих ислам — в первую очередь у татар, башкир, а также у некоторых кавказских народов.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Малхутдин добавляется русский патронимический суффикс -ов, который в женском варианте переходит в -ова. Такое сочетание арабского корня с русским окончанием — характерная черта фамилий, возникших в среде татарского и башкирского дворянства и духовенства в XIX — начале XX века, когда при переписях населения и оформлении документов адаптировали местные имена под общероссийские стандарты.

Интересная деталь, которая выделяет эту фамилию среди похожих, — редкость первой части «малхут». В отличие от часто встречающихся «Габдулдин», «Нуртдинов» или «Валитдинов», где корни более прозрачны и популярны, «малхут» встречается значительно реже. Это может указывать на то, что предок носителя был либо человеком, получившим имя в честь какого-то религиозного или государственного понятия, либо принадлежал к узкому кругу грамотных людей (мулл или учителей), которые сознательно выбирали более книжный, менее бытовой вариант имени.

Географически фамилия Малхутдинова наиболее вероятно связана с территориями современного Татарстана, Башкортостана или Оренбургской области — регионами, где исторически были сильны татарские общины и исламские традиции. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках такие фамилии фиксировались в среде крестьян и мещан, но часто — у представителей мусульманского духовенства, так как именно они давали детям «книжные» имена с глубоким смыслом.

Поскольку фамилия образована от полного имени, а не от прозвища или профессии, она не несёт информации о роде занятий предка. Но сам факт её существования и редкость говорят о том, что в роду, скорее всего, ценили религиозное образование и следовали традиции давать детям имена, подчёркивающие духовный статус.