Фамилия Маловацкие — это вариант фамилии Маловацкий, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Мал. Такие прозвища (Малюта, Малюк, Малец, Малек) были очень распространены у восточных славян в XI–XVI веках и встречались среди всех сословий. В «Ономастиконе» историка С. Веселовского упоминается Борис Васильевич Малой (конец XV века, Новгород), а в писцовых книгах Новгородских пятин записан курмышский крестьянин Малой (1627 год). Прозвище давали либо самому младшему в семье, либо человеку невысокого роста.

Суффикс -цкий в основе фамилии — ключевая деталь. Он указывает на украинское, белорусское или польское происхождение, в отличие от типично русских фамилий на -ов и -ин. Форма Маловацкие, с окончанием -ие/-ые, характерна для множественного числа и обычно закреплялась за целым родом или семьёй в документах. Со временем прозвище Мал, изначально бытовавшее как дополнительное имя, полностью вытеснило наследственное имя и в быту, и в официальных бумагах, став основой для фамилии.

О точном месте и времени возникновения фамилии Маловацкие говорить сложно — процесс становления фамилий на этих территориях был долгим, но сама модель образования (прозвище + -цкий) говорит о том, что предки носителей фамилии жили на землях, входивших в состав Речи Посполитой, и, вероятно, были крестьянами или мещанами.