Фамилия Малойкина — женская форма, а мужская, Малойкин, образована по одной из самых распространённых в России моделей: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Вопреки возможной догадке, основа здесь не «маленький» в прямом смысле, а, скорее всего, прозвище Малой или Малай.

Слово «малой» в русских говорах и в исторических документах означало не столько рост, сколько младшего в семье, подростка, парня, а иногда и слугу или работника. В. И. Даль фиксирует «малой» как «парень, слуга, работник». Прозвище Малай (или Малой) давали младшему сыну или подросшему мальчику, который уже начал помогать по хозяйству. Такие именования были широко распространены в среде крестьян и посадских людей до введения обязательных фамилий.

Суффикс -ин в фамилии Малойкин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Малойки. То есть Малойка — это уменьшительно-ласкательная или обиходная форма того же прозвища Малой. В русской ономастике такие цепочки (Малой → Малойка → Малойкин) типичны для фамилий северных и центральных губерний, где -ка часто добавляли к именам и прозвищам в бытовом общении.

Географически фамилия Малойкина встречается в Поволжье, особенно в Ульяновской и Самарской областях, а также в некоторых районах Татарстана. Это указывает на возможную связь с переселенцами из центральной России или с обрусевшими группами мордвы и чувашей, у которых прозвища с корнем «мал-» тоже были распространены. Альтернативная, менее вероятная версия выводит фамилию от тюркского имени Малай (со значением «богатство, скот»), но для фамилий с типично русским суффиксом -ин и формантом -ка это объяснение выглядит натянутым.

В дореволюционных метрических книгах фамилия обычно писалась через «о» — Малойкин, что подтверждает ударение на втором слоге и связь с прозвищем Малой, а не с прилагательным «маленький» (которое дало бы Малёнкин). Таким образом, предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был младшим в семье или молодым работником, а сама фамилия сохранила живую народную форму, уходящую корнями в быт русской деревни.