Фамилия Малойкин образована от прозвища Малойка — уменьшительной формы от прилагательного «малой» (младший, маленький). В русской ономастике суффикс -к- в прозвищах часто указывает на ласкательное или обиходное именование: Малойка — «маленький человек», «младший сын» или «невысокий ростом». Притяжательный суффикс -ин добавляет значение «чей?» — то есть Малойкин буквально означает «сын Малойки» или «потомок Малойки».

Эта фамилия относится к группе так называемых «патронимических» фамилий на -ин, характерных для северных и центральных регионов России. В отличие от фамилий на -ов (широко распространённых повсюду), -ин чаще встречается там, где основа оканчивалась на -а или -я. Малойкин — не исключение: исходное прозвище Малойка дало форму Малойкин, а не Малойков.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования описываются как типичные для крестьянской среды: прозвище могло закрепиться за младшим в семье, либо за человеком невысокого роста. В бытовой речи «малой» могло означать и «парень», «подросток», так что прозвище иногда давали не по возрасту, а по характеру или положению в общине.

Географически фамилия Малойкин встречается в Поволжье и на Урале, реже — в центральных областях. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти носителей схожих прозвищ (Малой, Малец, Малюта), но именно форма Малойкин — сравнительно редкая. Её написание устойчиво: без вариантов вроде «Малойков» или «Малайкин», что говорит о поздней фиксации (скорее всего, после отмены крепостного права, когда фамилии массово записывали в метриках).

Версия о связи с тюркским корнем «малай» (мальчик, слуга) маловероятна: суффикс -к- и типично русская модель на -ин указывают на исконное происхождение. Так что предки носителей фамилии Малойкин — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище за младший возраст или небольшой рост.