Фамилия Маляхин образована от имени или прозвища Маляха. По самой распространенной версии, в основе лежит уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Малахия (в русском обиходе — Малафей, Малахей). Имя это древнееврейского происхождения и означает «посланник Божий», «ангел». Маляха — это просторечный, «домашний» вариант, возникший в бытовой речи: так на Руси звали мальчиков и мужчин для простоты и ласки.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Малый, Маля — то есть «невысокий, маленький человек». В этом случае Маляха — тот же корень, что и в слове «малый», но с экспрессивным суффиксом -ях(а). Такие прозвища давали по росту или возрасту (младший в семье). Однако первая версия (от имени Малахия) выглядит убедительнее, потому что суффикс -ах(а) в русских именах и прозвищах часто служил именно для адаптации церковных имен: вспомните Митроха (от Митрофан), Пантелеха (от Пантелеймон). Маляха — ровно та же модель.

Фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Маляхин», то есть сын, потомок Маляхи. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ на -а, -я. По географии фамилия встречается в центральных и южных областях России, а также в Поволжье, но не принадлежит к числу очень распространенных — это редкая, локальная фамилия.

Примечательная деталь: в старых документах фамилию могли записывать через «о» — Малёхин, что связано с аканьем (произношением «а» как «о» под ударением в некоторых говорах) или с твердым произношением имени Маляха. Встречается и написание Малехин — с одним «а» в корне, но это уже результат упрощения при записи. Таким образом, Маляхин — это «сын Маляхи», а сам Маляха, скорее всего, был человеком, носившим имя Малахия в его простонародной, бытовой форме.