Фамилия Маняхин — яркий пример того, как женское имя стало основой для русской фамилии. В её основе лежит краткая форма имени Мария — Маняха. Само имя Мария, пришедшее из древнееврейского, означает «любимая, желанная» или «госпожа». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маняхин буквально означает «сын Манихи» или «потомок той, кого звали Маняхой». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от женских имён, особенно в тех случаях, когда женщина играла ключевую роль в семье или оставалась единственной кормилицей.

Существует и вторая, менее вероятная версия. Слово «маняха» могло быть не именем, а прозвищем, образованным от глагола «манить». В этом случае прозвище получал человек, который либо сам постоянно дразнил, льстил и обнадёживал, не выполняя обещанного, либо, наоборот, был слишком доверчивым и легко поддавался на уговоры. Однако первая версия — от имени Мария — выглядит более убедительной: такие уменьшительно-ласкательные формы, как Маняха, были широко распространены в народной среде и естественным образом становились основами для фамилий.

По своему происхождению фамилия Маняхин не относится к дворянским или книжным — она бытовала в крестьянской и мещанской среде, особенно в центральных и южных губерниях России. Встречается она нечасто, что делает её интересным объектом для генеалогического поиска.