Фамилия Маняхина принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от женского имени. В её основе лежит краткая форма имени Мария — Маняха. Само имя Мария имеет древнееврейские корни и переводится как «любимая», «желанная» или «госпожа». Таким образом, фамилия указывает на то, что родоначальником был человек, названный в честь женщины с этим именем — скорее всего, матери или жены.

Форма Маняха — не единственная уменьшительная производная от Марии (в ходу были также Маня, Манюта, Манюра), но именно с суффиксом -ах- она встречается реже, что придаёт фамилии некоторую диалектную или региональную окраску. Такие «материнские» фамилии на -ин обычно возникали в крестьянской среде, где женщина после смерти мужа могла стать главой семьи, и детей тогда записывали по её имени.

Существует и другая, менее вероятная версия: прозвище Маняха могли дать человеку по действию — от глагола «манить». В этом случае прозвище могло получить либо тот, кто часто дразнил, льстил или обнадёживал, либо, наоборот, слишком доверчивый человек, которого легко было «заманить». Однако первая версия — от имени Мария — выглядит убедительнее, поскольку фамилии от крестильных имён в русской традиции встречаются гораздо чаще, чем от прозвищ, образованных от глаголов.

Процесс закрепления фамилий был долгим, поэтому точно определить, когда и где именно возник род Маняхиных, можно только в ходе углублённых генеалогических изысканий.