Фамилия Моняхин образована от прозвища Моняха. Это довольно редкий случай, когда суффикс -ах(а) присоединяется к основе, а затем фамилия получает стандартный патронимический суффикс -ин. В русской антропонимии такие модели встречаются реже, чем, например, фамилии на -ов или -ин от имени без промежуточного суффикса.

Само прозвище Моняха, скорее всего, восходит к разговорной форме имени Моня. В свою очередь, Моня — это уменьшительная форма от целого ряда крестильных имён: Монсей (Моисей), Монтан, Монфий, а также от менее распространённого Соломон. В народе имя Моисей часто сокращали до Моня, добавляя к нему ласкательный или пренебрежительный суффикс -ах(а), получая Моняху. Так могли называть человека с мягким, покладистым характером или, наоборот, с лёгкой иронией — в зависимости от интонации.

По другой версии, корень может быть связан с диалектным словом «моня» — так в некоторых говорах называли вялого, медлительного человека или того, кто часто «мнет» слова, говорит невнятно. В этом случае Моняха — чисто прозвищное имя по поведению, а фамилия фиксирует эту черту за родом.

Географически фамилия Моняхин встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях. Это указывает на её исконно русское происхождение, без иноязычных влияний. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам — в документах XVIII–XIX веков Моняхины нередко значатся в ревизских сказках как государственные крестьяне.

Словообразовательная цепочка проста: Моня → Моняха → Моняхин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Моняхин, то есть сын или потомок Моняхи. Фамилия не имеет дворянской окраски и не фиксируется в родословных книгах знати — это типичная крестьянская фамилия, сохранившая бытовое прозвище предка.