Фамилия Монахин образована от слова «монах» с помощью стандартного русского суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — сын монаха. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто давали по имени или прозвищу отца, суффикс -ин обычно закреплялся за основами, оканчивающимися на -а/-я, но в случае с «монах» работает та же модель — как в фамилиях Горошин, Княгинин или Кузьмин. То есть Монахин буквально означает «сын монаха» или «человек, относящийся к монаху».

Однако прямое значение не стоит понимать буквально. В крестьянской среде, где фамилии массово закреплялись в XVIII–XIX веках, монахами называли не только постриженных иноков, но и людей, ведущих аскетичный образ жизни, или тех, кто по каким-то причинам получил такое прозвище — например, за молчаливость, строгость, нелюдимость или за то, что жил «как монах»: не пил, не курил, сторонился мирских забав. Возможен и вариант, что отец носителя фамилии был приписан к монастырскому хозяйству или работал при монастыре, но сам монахом не являлся.

Географически фамилия Монахин встречается в центральных и северных регионах России, особенно в бывших монастырских владениях — на территории современных Архангельской, Вологодской, Костромской областей. В этих местах монастырское землевладение было развито, и прозвище Монах могло закрепиться за крестьянином, жившим на монастырской земле или работавшим на монахов. В южных губерниях фамилия редка.

Стоит отметить, что фамилия Монахин — не единственная в этом ряду. Есть и Монахов (с суффиксом -ов), и Монахин — обе образованы от одной основы, но разными суффиксами. Монахов встречается чаще, особенно в южных и центральных регионах, а Монахин — более северный вариант. В ономастических работах Б. Унбегауна и В. Никонова такие пары (типа Соколов / Соколин) объясняются разными диалектными моделями словообразования: в одних говорах предпочитали -ов, в других -ин, даже если основа не заканчивалась на -а.

Таким образом, фамилия Монахин — не редкая, но и не массовая. Она не имеет отношения к дворянским родам (в списках столбового дворянства не значится) и почти наверняка происходит из крестьянской или мещанской среды. Её носители — потомки людей, которых в деревне прозвали за сходство с монахом или за связь с монастырём.