Фамилия Монахина — это женская форма фамилии Монахин, которая в свою очередь образована от прозвища или мирского имени Монах. В основе лежит слово «монах» — человек, принявший постриг и живущий в монастыре. Однако в русской ономастике такая фамилия далеко не всегда указывает на то, что предок был церковнослужителем или отшельником. Чаще всего Монахом в крестьянской или посадской среде называли человека, который вёл замкнутый, аскетичный образ жизни, избегал шумных компаний, отличался молчаливостью и строгостью нравов. Прозвище могло быть ироничным — если человек, наоборот, был грешен и далёк от благочестия, окружающие могли в насмешку величать его Монахом.

Модель образования фамилии стандартна для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду. Монахин — «сын Монаха» или «из семьи Монаха». Фамилия Монахина, соответственно, означает «жена или дочь Монахина». Географически фамилия встречается чаще в Вологодской, Архангельской, Костромской и Ярославской областях — в регионах, где были сильны традиции старообрядчества и монастырской жизни. В этих местах прозвище Монах могло быть особенно распространено.

Стоит отметить, что фамилия Монахина могла возникнуть и в среде духовенства, но не как фамилия священника, а как фамилия, данная семье, жившей при монастыре или происходившей из монастырских крестьян. В дореволюционных переписях встречаются записи «Монахин сын» или «Монахова жена», что со временем закрепилось как фамилия. В отличие от более распространённой фамилии Монахов, форма Монахин встречается реже, что может говорить о её локальном бытовании в определённых уездах.

В целом, носительница фамилии Монахина может считать, что её предки были людьми с заметным характером — либо строгими и набожными, либо получившими прозвище за внешнее сходство с монашеским образом жизни. Других версий, например, связи с татарскими или иноязычными корнями, у этой фамилии нет — она чисто русская, прозвищная, и её значение прозрачно для носителей языка.