Фамилия Малюновы образована от прозвища или имени Малюн. В её основе лежит древнерусское слово «малый» или производные от него: «малюта», «маля». Так в старину называли невысокого человека, младшего в семье или ребёнка. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Малюнов буквально значит «сын Малюна» или «из рода Малюна». Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, широко распространённая у восточных, западных и южных славян.

Само прозвище Малюн могло возникнуть в разных говорах. В северных и центральных русских землях «малюн» иногда означало «малорослый», а в южных — «младший брат». Встречается и версия, что имя Малюн — сокращённая форма от крестильного имени Мал, которое тоже связано с корнем «мал». В любом случае, фамилия Малюнов — самобытный памятник славянской культуры, сохранивший живую народную речь.

Фамилия не относится к числу самых частых, но её носители встречаются в нескольких регионах России. Чаще всего — в бывших вотчинах Новгородской земли и в Поволжье, где бытовали прозвища на -ун. Редкость фамилии говорит о том, что род мог быть немногочисленным или проживать компактно, в одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Малюнов можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, но уже сейчас ясно: её корни уходят в народную среду, где прозвище давали по внешности или возрасту, и оно закрепилось за потомками.