Фамилия Малющенко — яркий представитель украинской модели фамилий на -енко, самой продуктивной на Левобережной Украине. Суффикс -енко исторически означал «маленький», «сын» или «ученик»: Малющенко — буквально «сын Малюка» или «потомок того, кого звали Малюк». Основа фамилии — прозвище Малюк, которое в украинских говорах значит «малыш», «ребёнок», «недоросль». Так могли назвать младшего сына в семье, низкорослого мужчину или просто человека с детскими чертами лица — без уничижительного оттенка, скорее как бытовую примету.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепляли принадлежность к главе дома («чей?»), модель на -енко фиксировала родство по прямой линии: «чей сын?». Поэтому Малющенко — это не «принадлежащий Малюку», а именно «происходящий от Малюка». Такая форма указывает, что предок носителя фамилии был известен в своей общине под прозвищем Малюк, и уже его дети или внуки стали писаться как Малющенки.

Стоит обратить внимание, что фамилия могла возникнуть и от крестильного имени. В православных святцах есть имя Малх (от греческого «малакос» — мягкий, нежный), которое в народной речи легко превращалось в Малюк. Однако версия с прозвищем по внешнему признаку выглядит убедительнее: имя Малх встречалось редко, а бытовое слово «малюк» было повсеместным.

Географически фамилия Малющенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Сумской. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами и казаками, а не дворянами: модель на -енко редко встречалась в высших сословиях, зато массово фиксировалась в реестрах Войска Запорожского и среди сельского населения.

Родственная фамилия Малюк (без суффикса) встречается и у русских, и у украинцев, но Малющенко — однозначно украинская по происхождению. Если встретите вариант Малющенков — это русифицированная форма, возникшая при переселении носителей в великорусские губернии, где к фамилии добавили привычный суффикс -ов.