Фамилия Малюстина — женская форма, а её основа, мужская фамилия Малюстин, встречается нечасто и сразу привлекает внимание нестандартным суффиксом. В русских фамилиях куда привычнее окончания -ов/-ев или -ин. Здесь же мы видим модель на -ин, но с необычным стержнем: корень, скорее всего, уходит в прозвище или имя, которое звучало как Малюста.

Самый прямой путь к разгадке — слово «малый» или «маленький». В старину «малюта» означало нечто крохотное, а также было ласкательным именем для младшего ребёнка или невысокого человека. Имя Малюта известно по истории — вспомним опричника Малюту Скуратова, хотя его прозвище имело ту же основу. От «Малюты» через уменьшительно-ласкательный суффикс -ст- (как в именах Елистрат или Каллистрат, но в народной переделке) могло возникнуть имя Малюста. Такой суффикс придавал слову оттенок просторечия или ласки. Человек по прозвищу Малюста — «маленький, коротышка» — и стал родоначальником фамилии. Суффикс -ин в фамилии Малюстин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Малюсты.

Есть и более редкая версия: связь с диалектным глаголом «малюстить» — пачкать, марать, возиться в грязи. В некоторых говорах так говорили о неаккуратном человеке или о том, кто возится с мелкими, грязными делами. Эта гипотеза менее вероятна, но полностью исключать её нельзя — фамилии часто рождались из бытовых прозвищ по поведению.

Фамилия Малюстин — явно не дворянская, а крестьянская или мещанская по происхождению. Географически она тяготеет к центральным и северным областям России: встречается в архивах Тверской, Ярославской и Вологодской губерний, где были сильны традиции прозвищных фамилий на -ин. В советское время фамилия не стала массовой и осталась редкой, что делает её особенно ценной для тех, кто её носит: это не стёртая метка, а живое свидетельство о конкретном предке, которого в деревне знали как «маленького» или «нескладного».