Фамилия Манашенкова — женская форма, а мужская, Манашенков, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ов-, указывающего на принадлежность. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Манашенок (или Манашонок). Суффикс -енок/-онок в русских фамилиях — редкая деталь. В северных и центральных говорах он означал не столько «детёныш животного» (как в литературном языке), сколько «молодой человек, сын, ученик»: Манашенок — буквально «сын Манаши» или «маленький, молодой Манаша».

Само имя Манаша — уменьшительная форма от канонического имени Еммануил (библейское «с нами Бог») или от Манассия (древнееврейское «заставляющий забыть»). В народном быту полные церковные имена часто сокращали до двух-трёх слогов: Еммануил превращался в Мануйло, а оттуда — в Маня, Манаша. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: основа от прозвища Манашенок, связанного с диалектным глаголом «манашить» — делать что-то неспешно, мешкать, либо с «мана» — обман, приманка (в охотничьем и рыболовном деле).

Географически фамилия Манашенков тяготеет к южнорусским и украинским областям, а также к регионам, куда в XVII–XVIII веках переселялись служилые люди и крестьяне из центральной России. Встречается в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также на Кубани. Модель с -енок- (в фамилиях — -енков) характерна для белорусского и украинского ареала, но в русской среде она закрепилась именно как патронимическая: не «чей-то сын», а «чей потомок».

Социальный состав носителей фамилии в XIX веке был преимущественно крестьянским и мещанским. Дворянских родов Манашенковых в «Бархатной книге» и Гербовнике нет — это фамилия, выросшая из народной среды, из прозвища, которое дали человеку по имени или по черте характера.