Фамилия Манашкина — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается сразу несколько версий происхождения, и главная из них ведёт к крестильному имени Мануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог» и в православных святцах отмечено не раз: мученики с этим именем почитаются 4 февраля, 28 марта, 9 апреля, 30 июня, 9 августа и 10 ноября. В народной речи длинное и торжественное Мануил сокращали — так и появилось имя Манашка, которое и стало основой для фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манашкин — «чей?» — сын или потомок Манашки. Такая модель типична для фамилий, возникших в простонародной среде, где полное имя использовали редко, а в ходу были уменьшительные формы.

Менее вероятная, но любопытная версия выводит фамилию из прозвища Манашка, которое могло быть связано со словом «монашка». Здесь сразу оговорка: фамилии, образованные от женских прозвищ, встречаются реже, и обычно за ними стоит не прямое указание на род занятий, а скорее бытовая характеристика или прозвание, данное в шутку. Тем не менее, исключать эту возможность полностью нельзя — в некоторых говорах форма «манашка» фиксировалась как вариант слова «монашка».

Фамилия Манашкины зафиксирована в исторических документах. В Книге памяти Республики Мордовия, например, есть запись о красноармейце Манашкине Сергее Антоновиче, 1905 года рождения, уроженце села Подверниха. Эта географическая привязка — ещё один штрих: фамилия встречается в регионах, где были сильны традиции русских говоров с аканьем и характерными уменьшительными формами имён. Сейчас носительниц фамилии Манашкина можно встретить в разных частях России, но её корни — в имени, которое когда-то звучало как «Мануил», а в быту превратилось в ласковое Манашка.