Фамилия Манайнен — яркий маркер финского происхождения. Её выдает характерный суффикс -нен, который в финском языке выполняет ту же роль, что и русские -ов или -ин: он указывает на принадлежность к чему-то или происхождение откуда-то. Буквально такие фамилии означают «из рода такого-то» или «с такого-то места». В основе Манайнен лежит корень Mana-, который может восходить к имени или прозвищу.

Здесь есть две равноправные версии. Первая: Мана — это краткая форма от крестильного имени, например Эммануэль (финская форма — Мано). Такие сокращения были в ходу в финских деревнях, где фамилию нередко давали по отцу: «сын Мано» превращался в Манайнен. Вторая версия отсылает к финскому слову mana, которое означает «земля», «почва», а в более древнем значении — «преисподняя» или «царство мёртвых». Вряд ли предок был колдуном или могильщиком: скорее, прозвище Мана мог получить человек, живший на сырой или болотистой земле, либо тот, кто обрабатывал тяжёлую глинистую почву.

Географически фамилия Манайнен привязана к восточной Финляндии — исторической области Саво и прилегающим территориям. Именно там в XVI–XVII веках сложилась традиция крестьянских фамилий на -нен. После того как Финляндия вошла в состав Российской империи, часть носителей фамилии переселилась в Карелию и Ленинградскую область, а позже — вглубь России. В метрических книгах XIX века фамилия встречается среди лютеранских приходов Ингерманландии.

Написание фамилии устойчивое: Манайнен, с двойной «н» и мягким знаком перед ней. В финских документах она выглядит так же — Manninen, но с удвоенной «n» в середине. Русская передача через «а» и «й» — результат адаптации: в финском языке нет мягкого знака, и звук, который русское ухо слышит как мягкий «н», передаётся на письме через «й». Встречаются варианты Мананин, Манайнов — это уже результат русификации, когда финский суффикс заменяли на привычный русский.