Фамилия Манепов — редкий случай, когда географический разбор оказывается важнее морфологического. Она почти наверняка несёт в себе не русский, а тюркский корень, и её судьба тесно связана с историей Поволжья и Приуралья.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Манеп- плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Манепов). Суффикс — стандартный для русской фамильной системы, но сама основа явно заимствована. В русском языке нет корня «манеп-» с каким-либо исконным значением, зато в тюркских языках (татарском, башкирском) имя Манеп (Мәнеп) — это диалектный или сокращённый вариант от арабского имени Мухаммад. В исламской ономастике имя пророка Мухаммада давало множество производных форм: Мамет, Манап, Маннаф, и Манеп — одна из них, закрепившаяся в некоторых тюркских группах.

Таким образом, фамилия Манепов — это «сын Манепа», то есть потомок человека, носившего имя Манеп. Скорее всего, предки носителя фамилии были татарами, башкирами или представителями другого тюркоязычного народа, принявшего ислам, и жили в регионах, где русская административная система требовала оформления фамилий по русскому образцу — с суффиксом -ов. Это происходило в основном в XVIII–XIX веках при переписях и ревизиях.

Менее вероятная, но возможная версия: связь с тюркским словом «манап» — в некоторых тюркских языках так называли влиятельного человека, старейшину, знатока обычаев. В таком случае фамилия могла произойти не от имени, а от прозвища, данного уважаемому предку. Но поскольку имя Манеп (как форма имени Мухаммад) документально зафиксировано в метрических книгах татарских и башкирских сел, версия с личным именем надёжнее.

Географически фамилия Манепов встречается в основном в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Это типичный ареал для фамилий, образованных от тюркских имён с русским суффиксом. В центральных русских областях она почти не встречается, что служит дополнительным подтверждением её происхождения.

С социальной точки зрения, предки современных Манеповых скорее всего были государственными крестьянами или тептярями — сословной группой в Приуралье, состоявшей из нерусских народов, нёсших повинности, но не бывших крепостными. В дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.