Фамилия Манионян — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение не связано с русской или славянской традицией. Скорее всего, перед нами фамилия армянского происхождения, и об этом говорит её финальная часть — суффикс «-ян». В армянском языке этот суффикс означает принадлежность к роду или происхождение от предка, примерно как русское «-ов» или «-ин». Поэтому Манионян — это буквально «из рода Маниона».

Теперь разбираемся с основой «Манион». Самое вероятное объяснение — это антропоним, то есть личное имя или прозвище. В армянской ономастике встречается имя Мани (или Мания), которое может быть сокращённой формой от более длинных имён (например, Манвел или Манук). Суффикс «-он» в основе — это уменьшительная или ласкательная форма (как в русском «Ваня» от «Иван»). Таким образом, Манион — это «маленький Мани», а Манионян — его потомок.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с топонимом. В Армении есть село Мани (в области Лори). Если бы фамилия образовалась от названия села, она выглядела бы как Манионян или Маниец, но здесь скорее личное имя, чем географическое указание.

В русском контексте фамилия Манионян могла появиться в результате миграций армян в Российскую империю и СССР. В советских паспортах армянские фамилии часто записывали через «-ян» на конце, и они закрепились в таком виде. По сословной принадлежности предки могли быть и крестьянами, и ремесленниками, и священнослужителями — армянские фамилии не имеют чёткой социальной привязки, как русские дворянские. Если искать аналоги, то фамилия Манионян стоит в одном ряду с такими же армянскими фамилиями на «-ян», образованными от личных имён: Арутюнян, Петросян, Степанян. Но в отличие от них, Манионян встречается гораздо реже, что делает её более локальной и, возможно, связанной с конкретным родом из определённой местности.