Фамилия Маночков образована от имени или прозвища Маночко. В основе лежит уменьшительная форма одного из древнерусских крестильных имён. Чаще всего это Манойло или Мануил — народный вариант греческого имени Эммануил («с нами Бог»). В быту имя сокращали: Маня, Манята, Манюта, а от них — Маночко, как ласковое обращение к ребёнку или младшему родственнику. Возможен и другой корень: прозвище Манок мог получить человек, который манил к себе, приманивал — например, охотник, умевший подзывать зверей или птиц. В этом случае Маночко — ещё более мягкая, «детская» форма такого прозвища.

Суффикс -ов в фамилии Маночков указывает на принадлежность: «чей?» — Маночков, то есть сын, потомок Маночка. Такая модель в XVI–XVII веках стала основной для русских фамилий: сначала так называли главу семьи, а затем прозвище закрепилось и передалось детям. Интересно, что в фамилии сохранился редкий суффикс -очк-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно подобные формы (Маночко, Ванечка, Петрочко) бытовали в южнорусских и белорусских говорах, где уменьшительные имена с окончанием -о были особенно распространены. Поэтому географически фамилия Маночков тяготеет к регионам бывшей Черниговщины, Смоленщины или Брянщины.

Сословных ограничений у фамилии не было. Маночковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и однодворцы — те, кто жил на южных окраинах государства и нёс сторожевую службу. В документах XIX века фамилия встречается в Курской, Орловской и Тамбовской губерниях. Сейчас она редкая, но не исчезнувшая: её носители живут в России, на Украине и в странах, куда уезжали переселенцы в начале XX века.